本发明公开一种集装箱浸没式膜过滤装置及其冲洗控制方法，包括集装箱箱体，集装箱箱体内部填充固定有膜箱，膜箱内设有若干个膜组件，膜箱下方设有进水单元、下排单元和曝气单元，上方设有产水单元和上排单元，产水单元还连接有反冲洗单元。本发明膜箱上部设置上排单元，底部设置进水单元，能够实现气水顺冲并上排污染物，将膜丝间悬浮物和膜表面冲脱物随气冲上浮并在水流带动下从上部排出，排泥更干净，可减轻膜丝下端根部的淤积和池底淤积；底部仍保留排泥措施，易沉降颗粒仍可下排；可以实现只上排不下排，排水进水所耗时间更短、上排水耗量小。