本发明涉及一种生物识别验证系统及其方法，该系统包括服务端、系统端和客户端，其中，服务端和系统端分别与客户端相互连接，服务端用于检测客户端的终端标识是否发生改变以及用于进行数据解密、验签操作；系统端用于存储加密密钥以及采集生物识别数据；客户端用于检测当前运行环境、检测当前验证识别过程是否发生异常以及进行加密操作。与现有技术相比，本发明通过服务端、系统端和客户端三端认证的方式能够保证生物识别验证过程的安全性，本发明针对不同类型客户端，生成相应的设备唯一标识并进行相应存储，能够有效提升使用便捷性。