本发明公开了一种基于少量实测水深数据的湖泊水下地形建模方法，将沿湖泊中轴线采集的高程剖面视为湖泊的地形骨架，在确定湖滨带缓冲区范围的基础上，构建一系列连接湖滨带和中轴线的湖泊横断面。进而利用湖滨带已知高程，并在中轴线实测高程值约束下推测出横截面水下区域的高程值。最终基于逐个横断面和中轴线高程，空间插值构建湖泊水下的完整地形。该方法不需要开展全湖测量，大幅降低了湖泊野外调查工作的时间与经济成本。该发明适用于资料匮乏区域大型湖泊的测量工作，所构建的湖泊水下地形数据将为监测湖泊水资源动态变化及揭示湖泊水资源对全球变化的响应特征等提供技术支撑。