本发明涉及核电厂三废处理系统技术领域，尤其涉及一种核电厂蒸发器排污系统污水处理方法和系统。其方法包括：通过热交换器对蒸汽发生器的排污水进行冷却处理，得到冷却污水；通过减压阀对冷却污水进行释压处理，并通过过滤器对冷却污水进行过滤，得到过滤污水；通过辐射检测装置对过滤污水进行辐射检测，得到过滤污水的污水辐射值；在污水辐射值大于或等于预设辐射值阈值时，开启第一污水处理装置对过滤污水进行净化处理，得到第一净化水；在污水辐射值小于预设辐射值阈值时，开启第二污水处理装置对过滤污水进行净化处理，得到第二净化水。本发明提高了核电厂污水处理的灵活性，同时减少了树脂消耗量，减少生产运维成本。