本发明公开了三维X射线成像系统截断伪影校正方法及装置，方法包括：创建数字乳腺成像系统以及数字乳腺模型；生成数字乳腺模型的第一投影数据和第二投影数据；训练深度神经网络，并根据深度神经网络得到网络模型的权重参数；获取真实采集的截断投影数据的外轮廓边界，根据权重参数预测完整的外轮廓边界；根据外轮廓边界确定缺失投影区域，并通过外插值对缺失投影区域进行补全；对补全的投影数据进行SART迭代重建，每次图像更新时对截断投影所更新的图像区域对权重参数进行更新，直至图像重建结束，得到去除截断伪影的重建图像。本发明降低了计算复杂度、简单高效，可广泛应用于计算机断层成像技术领域。