本发明公开了一种基于发卡水包控制的流液道温度控制系统，包括流液道温度反馈机构、发卡水包装置和控制系统；所述流液道温度反馈机构设置在流液道处用于检测流液道的温度；所述发卡水包装置分别设置在冷却部两侧，包括机架、电机、传动链轮、支撑件和水包，所述电机与所述水包连接，并控制所述水包伸入冷却部的长度；所述控制系统与所述流液道温度反馈机构和所述电机连接。本发明还公开了一种基于发卡水包控制的流液道温度控制方法。本发明基于发卡水包装置，通过控制水包在冷却部的长度来对玻璃生产线的流液道的温度进行控制，从而快速且精确地提高超薄玻璃的成品率和良品率。