本发明公开了一种船舶装备系统的可靠性评估方法和系统，属于船舶装备技术领域中的可靠性评估技术，包括：获取船舶装备系统各采集时刻可观测性能参数状态，所有采集时刻可观测性能参数状态的集合，作为观测序列；将观测序列中各时刻可观测性能参数状态作为可观测值，输入到隐马尔可夫模型中，对隐马尔可夫模型参数进行训练，得到新的隐马尔可夫模型；对新的隐马尔可夫模型进行计算，得到随时间变化的船舶装备系统运行状态概率分布向量；根据随时间变化的船舶装备系统运行状态概率分布向量，计算船舶装备系统的可靠度，实现对船舶装备系统的可靠性评估。本发明为船舶装备系统的可靠性快速、准确评估提供一种新的技术途径。