本发明涉及数据分析技术领域，具体涉及一种传染病时空聚集性探测分析方法、系统及电子设备，包括：获取目标区域的传染病病发案例数据，并对目标区域进行划分，获取多个与之对应的子区域；对每个子区域进行时空扫描计算，获得每个子区域的病发案例总数；并将每个子区域的病发案例总数通过预设的似然函数，计算得到每个子区域的似然值；似然值最大的子区域作为聚集子区域；将似然值最大的子区域作为聚集子区域，并对聚集子区域进行非随机性的显著性分析，得出聚集性子区域的聚集概率。本发明对传染病疫情的聚集性探测，大大简化了分析过程，减少了人工干预，提高了工作效率，并能为以后开展针对性的预防控制措施，提供了科学参考依据。