本发明提供了一种粮食并联双体多层组合清理机，包括机架和分别设置于所述机架上的入料初清装置、匀料机构、并联筛分装置、负压除尘装置和驱动机构；所述并联筛分装置包括两组筛分单元，两组筛分单元均由所述驱动机构驱动运行，两组筛分单元的入口端分别设置一个匀料机构，两个匀料机构的入口通过软管连接入料初清装置的出料口，所述入料初清装置的进料口为总进料口，所述并联筛分装置的出料口为总出料口，所述负压除尘装置分别连接所述入料初清装置和并联筛分装置进行除尘。该粮食并联双体多层组合清理机集成不同的清理装置于一体，将粮食中的轻、小、大型杂质进行分步清除，动力能效较高、有利于粮食储存和减损。