本发明涉及电磁兼容测试技术领域，具体涉及燃料电池系统加载工况下的EMC性能测试系统，包括电波暗室，电波暗室内设有接地桌和接收天线；还包括燃料电池系统、加载设备和第一吸波墙；所述燃料电池系统放置在接地桌上；所述加载设备用于使燃料电池系统处于加载工况；所述第一吸波墙设于燃料电池系统和加载设备之间，第一吸波墙上设有壁板连接器和波导装置；所述壁板连接器用于供加载设备的输出端穿过第一吸波墙与燃料电池系统的输入端接连。本方案不用改造现有的电波暗室就能够直接对燃料电池系统的EMC性能进行测试，不用为了测试燃料电池系统电磁兼容性能而对电波暗室进行破坏性改造，避免降低电波暗室的普适性,节省了改造的成本。