本发明公开了一种基于新型反溶剂法的疏水外壳凝胶微粒的制备方法及应用，通过内源固化法，通过乙酸与海藻酸钠溶液中的碳酸钙反应释放Ca²⁺固化海藻酸钠成为凝胶颗粒，将一定数量的凝胶颗粒加入到溶于特定乙酸浓度的玉米醇溶蛋白溶液中，基于凝胶颗粒及玉米醇溶蛋白溶液间的乙酸浓度差，凝胶颗粒中的水作为反溶剂渗出，玉米醇溶蛋白溶液的乙酸浓度降低，从而使溶于乙酸‑水溶液中的玉米醇溶蛋白析出，在凝胶颗粒表面自组装形成外壳，最终形成具有玉米醇溶蛋白疏水外壳的凝胶微粒。本发明所使用的材料全部为天然可食用材料，制备方法简单，形成的疏水外壳凝胶微粒可用于香精物质、功能因子以及油脂的缓释。