本发明公开了一种快速获得凤眼莲无菌苗的方法，对凤眼莲植株进行前处理，获得消芽体；将芽体插入固体培养基中，28℃，暗培养，转入固体培养基中培养至新芽长出，切除黑化老化部位，转入固体培养基中，28℃，暗培养，再在固体培养基中培养至匍匐茎上长出新芽，用解剖刀切断后，去除新芽基部的匍匐茎，转入固体培养基中培养至匍匐茎上长出新芽；重复上一步骤；去除匍匐茎后的母株，切除老叶及黑腐组织，转入液体培养基1中培养，若有匍匐枝长出，去除黑腐组织及多余的匍匐枝，转入液体培养基1，母株转入液体培养基2；循环培养，获得无菌子代凤眼莲。该方法有效去除凤眼莲细菌污染，在较短时间内获得较大群体数量的无菌苗，复制性强，易操作。