本申请公开了一种细菌活性检测方法、装置、设备及其存储介质，该方法包括：制备活细菌菌液和死细菌菌液；通过原子力显微镜分别获取活细菌的第一力谱和死细菌的第二力谱，并对获得的力曲线进行后处理提取变形量、刚度、杨氏模量；将变形量、刚度、杨氏模量输入到机器学习模型中判断细菌的活性。本申请提供的上述方案，可以将细菌的纳米力学特性作为判断细菌活性的特征，所以避免了细胞仍然完整的死菌无法被检测的问题，此外，在检测过程中，原子力显微镜的探针以皮牛级的力作用于细菌表面，该力远小于细菌致死的机械外力，所以不会在测试中损伤细菌，能够在生理条件下原位检测，结合机器学习快速准确的分析，大大提高了细菌活性检测效率。