本发明提供管道清洗系统，包括输送管道、第一清洁球、第二清洁球、原料罐、成品罐、第一推动机构、第二推动机构和第三推动机构；所述输送管道从首端到尾端依次连接有第一腔体、第一进出水组合管道、进料管道、出料腔、第二进水管道和第二腔体；本发明还提供一种管道清洗方法，包括以下步骤：1)、输送物料；2)、管道清洁；3)、清洁球回收；4)、清洁球归位。本发明管道清洗系统及使用方法可以在输送管道使用完后，轻易的进行清洗，能尽量的清洗粘附于流体输送管道内壁上食品，不会对消费者身体健康产生危害。