本发明提供了一种充填管路清洗系统及其使用方法。充填管路清洗系统包括进料系统、渣浆泵和空气压缩机；渣浆泵将进料系统和充填管路连接；空气压缩机与充填管路连接；进料系统包括料斗以及设置于料斗进料口端的水泥浆系统和水系统；水泥浆被渣浆泵泵入充填管路，对充填管路进行一次清洗；水被渣浆泵泵入充填管路，对充填管路进行二次清洗；气体被空气压缩机泵入充填管路，对充填管路进行三次清洗。本发明采用水泥浆‑少量水‑高压风协同的泵送管路高效洗管方式，洗管效率高，且管道清洗的效果好；用水量少使进入空区的水较少，不会对充填体质量造成负面影响，不会威胁井下安全生产。