本发明公开了一种光纤激光器流水线二维码打标方法及系统，其中，方法包括：通过机械手从压铸模具中取出工件运输至二维码打标位；其中，工件包括与二维码打标位相对应的打标区域，打标区域包括以二维码像素点大小进行划分的打标子区域；控制红外测温仪分别采集各个打标子区域的温度，选取各个打标子区域中的最高温度作为标准温度；根据标准温度，控制光纤激光器以第一功率对各个打标子区域进行预热，以使各个打标子区域之间的温度差值不超过标准温差；在预热完成之后，根据标准温度，控制光纤激光器以第二功率对工件的打标区域进行二维码打标。本发明可以使得二维码打标均匀，保证二维码识别准确率。