本发明涉及一种多目标导向模糊测试方法及系统，所述方法包括：构建被测程序的函数调用图和程序控制流图；生成增强目标序列并计算目标序列的优先级；对被测程序进行插桩并生成插桩的二进制程序；判断当前模糊器所处阶段，并根据所处阶段从相应的种子队列取种子；变异种子生成测试输入；执行生成的二进制程序并记录测试输入的路径分支覆盖度和目标序列覆盖度；当测试输入提高了目标序列覆盖度，则基于种子多特征的综合能力、模拟退火算法和AFL原始能量，为测试种子分配能量；当测试输入提高了目标序列覆盖度，将测试种子放入导向种子队列，该方法增强了序列引导的多目标导向模糊测试方法触发漏洞的能力。