本发明提出一种饱和黏土体渗透系数测定方法，其特征在于包括：步骤A、黏土体相关土力学参数测定；步骤B、获得黏土体有效孔隙比e_e；步骤C、获得饱和黏土体有效比表面积S_e；步骤D、饱和黏土体单位时间通过其横断面总水流量的测定；步骤E、获得饱和黏土体渗透系数k。本发明饱和黏土体等效毛细管道渗透系数的获得是在深入分析与研究了饱和黏土体的渗流机理基础上，剔除饱和黏土体中对渗流无影响的无效孔隙和孔隙面积，将KC常数拆分融入到渗流通道曲率、有效比表面积和有效孔隙比等参数中，而上述一系列参数很容易通过室内试验测得，促使本发明建立的饱和黏土体等效毛细管道渗透系数测定精度大大提高。