本发明公开了一种发动机配气机构敲击异响识别系统，包括发动机总成，发动机总成包括配气机构，配气机构的曲轴由电动机驱动，配气机构的润滑油道与机油供给系统连接，配气机构上还分别布置有气门升程测量装置、振动传感器和声音传感器，发动机总成旁边放置有噪声诊断仪，电动机、机油供给系统、气门升程测量装置、振动传感器、声音传感器、噪声诊断仪均与上位机通讯连接。本发明还公开了一种基于发动机配气机构敲击异响识别系统的识别方法，在仅有配气机构运行时得到气门敲击噪声的特征频率段，在发动机正常运行时噪声进行带通滤波处理，当带通滤波后听得到声音则噪声是由配气机构导致的。本发明快速准确地识别发动机敲击噪声是否来源配气机构。