本发明提供一种微芯片自动注入装置，包括：三通阀门，所述三通阀门包括A阀、B阀和C阀，所述A阀的进口与微芯片投入口连通，出口与所述B阀的入口之间通过第一管道连通；激活仓，所述激活仓的设置在所述第一管道上，且入口与所述A口的出口连通，出口与所述B口的入口连通，所述激活仓用于激活所述微芯片；存储仓，所述存储仓与所述B口的出口之间通过第二管道连通，用于存储所述投入口投入的微芯片；液压驱动机构，用于将存储在所述存储仓内的微芯片连通液体注入至所述钻井液循环管路中。所述微芯片自动注入装置将一个或多个微芯片注入钻杆内的泥浆中，从而随泥浆循环进入井下实现全井筒以及随钻测量。