本发明属于无人机识别技术领域，特别涉及一种基于深度学习的无人机信号识别方法及系统，包含：利用接收机采集多个型号已知的无人机信号，并通过短时傅里叶变换生成与每个无人机信号对应的时频图，利用该多个类型的无人机信号时频图来构建用于模型训练的信号样本数据库；构建依据时频图能量条带和视觉性差异来进行无人机型号识别的无人机识别模型，并利用信号数据样本对模型进行训练；将待检测未知无人机信号通过短时傅里叶变换生成对应的时频图，利用无人机识别模型来识别该未知无人机型号。本发明能够在脉冲干扰、低信噪比和一定时频混叠的环境下较为精确地识别无人机信号的类型，达到无人机目标预警监控的目的，方案步骤清晰，便于实施。