一种高速自动扫片AI辅助判读系统及其扫片方法，高速自动扫片AI辅助判读系统包括一控制主机及一影像撷取机台。控制主机设定影像撷取机台的扫描参数，包括将一玻片分成复数区块的数量、区块中的复数子区块的数量、一中心区块的位置及一扫描路径，扫描路径为顺时针方向或逆时针方向螺旋式扫描；控制主机选择扫描路径后，将影像撷取机台的一对焦位置对准玻片上的中心区块进行对焦，并分别撷取中心区块中的子区块的影像；接着依据扫描路径，重复将对焦位置移动到相邻区块进行对焦并撷取子区块的影像的步骤，直到区块皆扫描完成。本发明所提供的方法及扫描系统可快速扫片，不需每一张影像都重新对焦，可大幅减少对焦次数及所耗费的时间。