本发明提供一种改性次磷酸铝阻燃剂的制备方法，将一定量的次磷酸铝加入乙醇与水的混合溶剂中，升温至60~70℃后滴加含氨基的硅烷偶联剂，反应一段时间后抽滤，乙醇洗涤三次即可得到中间产物；将步骤一得到的中间产物加有机溶剂中，加入一定量的MDI后升温至60~80℃进行反应，反应过程中加入适量的三羟甲基氧化膦继续反应得到改性次磷酸铝阻燃剂。本发明提供了改性次磷酸铝，与次磷酸铝相比、阻燃效率高、成炭性好、加工过程中磷化氢产生较少。本发明提供的阻燃剂与基材相容性好，对基材力学性能影响较小，不存在迁移析出等情况。