本发明涉及高分子阻燃材料技术领域，具体公开了一种低聚硅氧磷酸酯阻燃剂及其制备方法和应用，所述制备方法包括以下步骤：S1.将硅烷偶联剂、醛酮类化合物和溶剂混合，经冷凝回流磁力搅拌，得到溶液Ⅰ；S2.取含有活泼氢的磷酸酯阻燃剂与溶液Ⅰ混合，经冷凝回流反应后，冷却至室温，得到溶液Ⅱ；S3.所述溶液Ⅱ经旋转蒸馏后，收集剩余固体并进行真空干燥处理，得到所述低聚硅氧磷酸酯阻燃剂；本发明通过类曼尼希反应使含活泼氢的磷酸酯阻燃剂与醛酮基化合物和硅烷偶联剂缩合，并使甲氧基团和乙氧基团发生水解反应，促使其发生硅氧交联反应，形成所述低聚硅氧磷酸酯阻燃剂，达到了在制备树脂复合材料时，能够提高阻燃效果和减少烟雾量的效果。