本发明公开了一种精氨酸/赖氨酸多肽微囊包裹体及其制备方法和应用，该微囊包裹体包括以下原料：复配精氨酸/赖氨酸多肽、甘油、聚甘油基非离子表面活性剂和葡聚糖，余量为水；其中，复配精氨酸/赖氨酸多肽包括红蝎毒素和芋螺毒素肽。该微囊包裹体采用聚甘油基非离子表面活性剂作为载体材料，使复配多肽可以自发地包裹在微囊双分子层中，从而形成高稳定的微囊包裹体结构，复配多肽能起到抗衰、抗皱和抗氧化的效果。该微囊包裹体的制备方法避免了传统脂质体制备所需的赋形剂和增塑剂添加，制备方法简单。该微囊包裹体能便利地稳定分散于不同类型护肤乳液、膏霜、洁面、精华、化妆水等化妆品基质中，制备成为化妆品或护肤品中应用。