本发明揭示了一种机箱触发信号控制方法及机箱控制系统，所述机箱触发信号控制方法包括：控制子机箱的差分触发信号输入至主机箱；根据所述差分触发信号，控制所述主机箱的主扇出模块输出时钟同步信号至所述子机箱的子扇出模块，并同时控制所述主机箱的主触发端口输出差分触发信号至所述子机箱的子触发端口。本发明提供的机箱触发信号控制方法，利用主机箱汇总所有子机箱的触发信号，并通过独立设置的时钟同步信号和触发信号传输通道，分别且同步传输，如此保证至少子机箱能够被同步触发，且由于没有利用定时槽，拓展性更强。