本发明公开了一种无人艇底层控制装置及其控制方法，包括硬件控制模块和软件控制程序。所述硬件控制模块包括控制板和对外接口，所述控制板包括PLC控制模块、信号隔离器、隔离电源模块、直流电机驱动器、继电器组、端子。所述软件控制程序，利用PLC编程，支持远程遥控、自动控制、现场人工控制三种控制模式，通过对报文命令的解析和手动控制信息采集，根据控制模式输出油门和转舵控制信号。所述无人艇底层控制装置可以支持多类无人艇控制系统的设计与集成，实现无人艇控制系统低成本、高可靠的模块化设计与制造。