本发明涉及一种基于相干扫描干涉系统的变焦显微表面重构方法，包括如下步骤：1：获取表面扫描干涉三维信号；2：对三维信号进行三维傅立叶变换获取其三维频谱；3：从三维频谱中提取变焦显微成像信号频谱；4：对变焦显微成像信号频谱做三维傅立叶逆变换获取三维变焦显微图像；5：通过变焦显微表面重构算法获取表面形貌。本发明利用相干扫描干涉图中的干涉信号与变焦显微成像信号在三维频谱中的可分离性，获取相干扫描干涉成像中的三维变焦显微信号，最终通过变焦显微表面重构算法获取表面形貌，提高了相干扫描干涉仪对极粗糙表面、大倾角和垂直表面的形貌测量能力。