本发明涉及一种基于仪器三维传递函数的相干扫描干涉仪表面重构方法，其中装置包括照明系统、干涉显微成像系统以及物镜扫描系统；方法包括如下步骤：(1)获取相干扫描干涉仪三维干涉信号；(2)对信号进行三维傅立叶变换获取干涉信号三维频谱；(3)用三维频谱除以系统的三维传递函数获取表层膜模型的频谱；(4)对表层膜模型的频谱进行三维傅立叶逆变换得到重构的表层膜模型；(5)通过重构的表层膜模型的位置和相位计算表面高度。本发明利用相干扫描干涉仪的三维成像理论，在三维空间中恢复待测表面的表层膜模型并获取表面高度，实现比传统方法更高精度的微观表面形貌重构能力。