本发明公开了一种实现多时钟同步的方法、系统及电子设备，电子设备中需要基于时间戳运行的多个功能模块中的任一功能模块均可以从电子设备的第一单元获取基准时钟信息，并发送模块时钟设置信息至所述第一单元，以使第一单元根据模块时钟设置信息，配置功能模块的时钟偏移信息。功能模块在下一次从电子设备的第一单元获取基准时钟信息的情况下，能够接收第一单元基于时钟偏移信息所确定的针对功能模块的模块时钟信息。其中，第一单元配置独立的RTC模块并且第一单元能够在电子设备的主机系统启动之前启动。由此，多个功能模块在电子设备上电、下电、开机和关机等条件下均能够持续进行计时功能。并且，能够对多个功能模块的时钟信息进行统一管理。