本发明涉及一种三维集成电路结构的版图图像获取方法和获取系统。三维集成电路结构的版图图像获取方法包括：基于三维集成电路结构中的硬件单元的架构获取三维集成电路结构的立体结构信息；建立坐标系并获取各硬件单元在坐标系中的坐标信息，确定各硬件单元的有效版图图像范围；基于确定的有效版图图像范围分别获取各硬件单元的版图图像；基于各硬件单元的坐标信息将各硬件单元的版图图像进行拼接，以得到拼接图形；基于拼接图形得到三维集成电路结构的版图图像。解决了无版图区域浪费高精度拍摄的时间成本且无版图区域增大版图图像拼接难度和对准难度的问题，使三维集成电路结构的版图图像的获取更加高效准确，提高芯片版图图像获取的效率。