本发明公开了一种激光对焦成像系统及系统的偏移量的自动化检测方法。激光对焦系统通常用于无限远共轭光学系统中，可以检测物方待测样品的位置。其耦合到对应的检测系统或者观察系统中，虽然能够获得一致的对焦结果，但是由于激光对焦系统本身的误差，激光对焦系统耦合到系统中的安装误差以及激光对焦系统波长与检测或者成像系统使用波长的差异，导致激光对焦系统认定的样品位置并非检测系统或观察系统的成像最清晰位置，因此需要设置激光对焦系统的偏移量。本发明提出了一种激光对焦成像系统，能够判断样品上表面与激光对焦系统的焦面的相对位置，同时，提出了一种自动化设置偏移量的方法。本发明具有成本低，精度高，自动化程度高的特点。