本发明提供一种复杂输水系统特征频率获取的模块化实现方法，包括如下步骤：S1：将复杂输水系统分解成独立的简单元素，所述简单元素包括弹性管道元素、刚性管道元素、阻抗元素、调压室元素、水库元素、振荡阀门元素、水轮机元素；S2：按顺序将简单元素以及简单元素所相邻的节点依次进行编号；S3：将复杂输水系统分解后的简单元素依次编译成子矩阵表达式；S4：构建输水系统总矩阵；S5：确定激励输入节点、响应输出节点；S6：求解输水系统总矩阵，确定系统的频率响应特性。本发明以结构矩阵法为基本原理，将各水力元素分块建模，构建的元素的矩阵形式不因输水系统布置的变化而变化，模块化程度高。