本发明提供了一种贯通柔性牵引变电所及其保护配置方法，属于贯通柔性牵引供电技术领域，该变电所包括节能型牵引变压器、匹配变压器、由若干个子模块级联组成的三相‑单相变流器和若干个断路器。本发明能够在改造传统牵引变电所、实现两变电所间全线贯通的同时，在核心变流器出现严重故障时退回到铁路传统供电方式，提高了牵引变电所运行的可靠性，还能够节约改造变电所所需占地空间。该保护配置方法根据柔性牵引变电所各个设备及线路可能出现的故障及故障特点，采用多级故障定位策略，及时判断故障发生点，并针对其配置适用的保护方法，保证牵引变电所各个设备及线路故障时的快速可靠切除，实现牵引变电所的安全可靠运行。