本发明提供了一种基于既有牵引变压器的贯通柔性牵引变电所及其保护配置方法。包括既有牵引变压器、匹配变压器、三相‑单相变流器以及若干个断路器，本发明的贯通柔性牵引变电所能在三相‑单相变流器出现严重故障后退回到既有供电方式。本发明减少既有牵引变压器副边电压不平衡问题对三相‑单相变流器的影响，同时提高贯通柔性牵引变电所供电区间的供电可靠性。本发明在匹配变压器保护中加入负序过电流保护，提高了变压器在非对称故障时的安全性；且在柔性牵引变电所三相‑单相变流器功率模块输出侧设置重构开关，在模块发生非短路故障时，可通过驱动脉冲封锁与重构开关实现变流器地自愈重构，实现柔性牵引变电所的安全可靠运行。