本发明提供一种全电子联锁系统执行单元的热备方法及热备联锁系统，其中热备方法包括：联锁机确定两系全电子执行单元的主备系身份；主备系全电子执行单元通过通信单元获取联锁机的命令；主系全电子执行单元对命令解析后执行输出，并更新工作状态，备系全电子执行单元跟随主系全电子执行单元执行输出，并更新工作状态。本发明实现了两系全电子执行单元交叉热备，系统中只要热备的全电子执行单元中有一个工作正常，即使两系中有多个全电子执行单元故障，也不影响系统正常运行，大大提高了系统可用性。两系全电子执行单元采用备系输出驱动跟随主系的方式，保证了两系全电子执行单元对室外设备驱动一致，保障了系统安全性。