本发明涉及环境监测技术领域，具体涉及一种环保监测数据加密传输系统及方法，包括：控制终端，是系统的主控端，用于发出数据加密传输的执行指令；采集模块，用于采集环保监测的数据，并储存再其内部；校正模块，用于将采集到的环保监测数据与下级采集源数据进行比对；通讯模块，用于与下级建立通讯连接，完成校正模块的运行任务，本发明为环保监测数据传输提供了一种较为安全的加密传输系统，该方法通过植入乱码并使数据不完整的方式对环保监测数据进行传输，当传输完成，再通过剔除乱码的方式恢复，最后第二梯队环保监测数据传输时会将不完整部分的第一梯队遗留数据传输进而与第一梯队传输数据组成完整的数据。