本发明公开了一种三维磁共振脑部图像分析方法及其应用，涉及三维磁共振脑部图像分析技术领域。本发明在使用类别信息进行特征对齐，并在调整边缘分布和条件分布对域适应重要性的同时，引入基于原型表示的MDD损失来优化对抗域适应网络损失；源域的交叉熵分类损失、特征提取网络的注意力一致性损失、用以对齐源域和目标域边缘分布的全局域对抗损失、用以对齐源域和目标域条件分布的局部域对抗损失，以及基于原型表示的MDD损失共同构成了网络模型的损失函数。本发明既能达到将数据的边缘分布和条件分布同时对齐，又能够最大化类内密度，保留强化相应极细微的类内及类间特征信息。