本发明实施例提供了一种试剂卡孵育系统、试剂卡孵育方法和存储介质，该系统应用于孵育仓，孵育仓设置有空腔、与空腔连通的循环管道，循环管道上设置有温度调节装置和循环装置，测温模块测量孵育仓的当前温度值，主控中心在当前温度值和预设的目标温度值的差值大于预设温度阈值时，向温度控制模块发送温度控制量以及向循环控制模块发送液体循环指令，温度控制模块在接收到温度控制量时，根据温度控制量控制温度调节装置调整循环管道中液体的温度，循环控制模块在接收到液体循环指令时，控制循环装置驱动循环管道中的液体在循环管道和空腔中流动，通过调节液体的温度来调节孵育仓的温度，热量传递均匀且不容易受环境影响，孵育效果好。