本发明提供一种硅碳复合材料及其制备方法和应用，所述制备方法包括如下步骤：(1)将硅材料、碳材料和粘结剂混合，造粒，得到中间体A；(2)将所述中间体A进行热混捏和等静压成型，得到中间体B；(3)所述中间体B依次经过第一碳化处理和设置包覆层，得到中间体C；(4)将所述中间体C进行第二碳化处理，得到所述硅碳复合材料；所述第二碳化处理的温度≥第一碳化处理的温度。所述制备方法的原料和设备易得，生产成本低，得到的硅碳复合材料中的纳米硅和碳分布均匀，并具有较大的振实密度和较低的比表面积，导电率高，比容量大，其作为负极活性材料用于锂离子电池中，具有优异的容量、首次充放电效率和循环性能。