本发明公开了基于表面形态学测量的认知障碍辅助诊断系统，包括：获取模块，其被配置为：获取待诊断的脑部图像；预处理模块，其被配置为：对待诊断的脑部图像进行校正和去噪处理；表面创建模块，其被配置为：基于预处理结果，重建大脑皮层表面；特征提取模块，其被配置为：基于表面形态学测量，在重建后的大脑皮层表面的每个顶点处提取若干个特征；辅助诊断模块，其被配置为：将所提取的特征进行融合后，将融合特征输入到训练后的分类器中，输出认知障碍辅助诊断结果。基于对原始sMRI图像预处理进行基于表面的形态学测量分析，从而得到大脑的四种皮层指标，运用一款基于决策树算法的分布式梯度提升框架进行预测分析与分类。