本发明提供了一种网联自动驾驶车辆混行交叉口集聚通行方法及其控制系统，网联自动驾驶车辆智能体接收集聚指令，选择集聚对象，形成集聚车队，根据集聚车队信息库以及当前相位剩余的绿灯时长，对集聚车队以当前速度是否能够不停车通过预信号停车线进行判断，否则将对集聚车队进行速度诱导策略；当集聚车队通过预信号停车线后，对集聚车队进行速度建议，车辆按照建议速度行驶，配合主信号与预信号的协调配时方案，不停车通过信号交叉口。本发明能在很大程度上提升道路交通的通行效率和安全性，缓解混行交通流的拥堵状况。