本发明公开了一种多载波鉴频方法，包括：S1、通过带通滤波器接收包含多载波的调顶信号，并选定其中一个载波的载波频率作为带通滤波器的中心频率；S2、计算带通滤波器的输出信号在选定的载波频率处的傅里叶系数；S3、在连续多个傅里叶积分区间执行步骤S2，得到带通滤波器的输出信号在选定的载波频率处的多个傅里叶系数；S4、利用得到的多个傅里叶系数计算选定载波的频偏；S5、利用选定载波的频偏矫正选定载波的幅度。本发明多载波鉴频方法及系统使用滤波器，通过把选定的载波频率作为中心频率，将其它载波信号滤除以消除其影响，在选定的载波频率上计算傅里叶系数并估计载波的频偏，利用得到的频偏对幅度进行矫正，最终得到误差小的幅度值。