本发明揭示了一种分子结构数据库构建方法、装置、电子设备及存储介质，适用于化学领域。该方法包括：获取分子数据库；分子数据库与化学数据库关联；基于预设查询条件在分子数据库中查询目标分子，并确定目标分子的标识信息；根据标识信息，在化学数据库中查询目标分子的物性数据；根据物性数据，生成目标分子对应的可视化的3D结构。采用该方法，不需要再从头基于分子的图论数据结构生成目标分子的3D结构因此，上述分子结构数据库构建方法，极大地减少了生成目标分子对应的可视化的3D结构的复杂性，且占用的系统的存储空间较少。