本申请涉及一种分子对接的处理方法、装置及电子设备。该方法包括：分别获取模板分子和待对接分子的分子骨架，其中，模板分子的分子骨架具有对应的已知原子三维坐标；将模板分子及各待对接分子的分子骨架按照预设分组规则进行分组，形成分子对；按照对应的预设分子对接方法，分别将第二分子骨架参照对应的分子对中的第一分子骨架的原子三维坐标与受体蛋白进行对接，获得第二分子骨架的原子三维坐标，以将分子对中的第二分子骨架切换为对应的第一分子骨架；分别根据第一分子骨架的原子三维坐标，获得各待对接分子对应的对接后分子的构象信息。本申请提供的方案，能够提高处理效率，降低人工成本。