本发明公开了一种基于高通量SNP位点筛选的辅助育种方法。1）利用高光谱四维成像仪器，获取目标生物的三维形貌及高光谱信息；构建表型性状特征的考种模型；关联四维信息和目标生物表型性状特征，搭建目标生物的自动化考种平台；2）针对特定表型性状的目标生物的参考群个体，进行高通量基因组测序和全基因组关联分析,获得SNP位点；据此设计高通量SNP特异性筛选芯片；3）对待测样本进行高通量检测，获得具有对应的基因型样本；4）根据SNP位点分析的结果和基于SNP聚类的亲缘关系信息，从候选育种亲本中筛选出用于表型性状鉴定的亲本子集；最终确定育种计划所需的入选育种亲本。本发明可显著节省对目标生物优良性状的选择费用和筛选时间。