本发明公开了一种两阶段代理模型辅助参数估计方法以及系统，本方法包括：从原始数据中采样初始参数；构建降价模型，根据降价模型和第一差分进化从初始参数中筛选出期望参数；构建数据驱动模型，根据数据驱动模型和第二差分进化从期望参数筛选出最优参数。相较于现有参数估计方案，本发明利用降价模型和数据驱动模型之间的互补优势，在第一阶段中，通过降价模型辅助差分进化来进行参数筛选，过滤掉较差的参数，提高模型训练的效率，在第二阶段中，通过数据驱动模型辅助差分进化来进行精细估计，从而提高估计精度，相较于现有参数估计方案，本发明实现了精度和效率之间的平衡，采用结构简单且搜索能力强的差分进化实现两个阶段的搜索。