本发明提供一种线性调频信号的采样同步方法及系统，包括：步骤S1，获取线性调频信号，通过调整线性调频信号的初始频率和相位步进得到多个不同的采样相位；步骤S2，针对每个采样相位，对采样相位分别进行循环位移以得到多组采样相位数据；步骤S3，针对每组采样相位数据，生成对应的两路本地信号，根据两路本地信号与外部输入的一输入信号处理得到采样相位数据对应的信号能量；步骤S4，根据各信号能量和噪声能量处理得到多个信噪比，根据各信噪比筛选得到一个采样相位作为采样同步结果。有益效果是本方法及系统通过直流分量和一次谐波分量来计算得到信号能量，有效降低计算复杂度和计算时间，处理得到最优采样相位以解决信号不同步的问题。