本发明公开了一种基于上下位机组态差异识别的控制器组态下载方法，包括读取控制器的第一文件，从而获取控制器的组态文件列表和每个组态文件对应的第一文件摘要；基于第一文件摘要和上位机中第二文件摘要的对比结果确定待下载组态文件，以及基于待下载组态文件生成第三文件；下载待下载组态文件和第三文件至控制器；本发明提出的基于上下位机组态差异识别的控制器组态下载方法，通过比对文件的MD5摘要来获得存在修改的文件，从而识别出下载内容，下载后只通知所下载文件对应的服务。从而不会扰动其它服务。