本申请公开一种基于医学图像的消融区域确定方法、设备及存储介质，属于图像处理技术领域。其通过获取对目标区域病灶组织进行消融前的术前影像、和进行消融后的术后影像；对术前影像和术后影像进行配准及三维建模，得到三维术前影像和三维术后影像；基于三维术前影像和三维术后影像上各个体素的体素差值，对各个体素进行区域聚合，得到至少一个聚合区域；在显示界面显示聚合区域，以供操作者确定聚合区域是否为消融区域；在操作者确定聚合区域为消融区域的情况下，按照预设显示方式显示消融区域；可以解决机器识别消融区域时识别结果可能不准确的问题；可以提高消融区域识别的准确性。